Coded Arms Contagion wirft die Spieler mitten in eine neue Cyberkrise,in der sie ihre Hackerfähigkeiten und ein Arsenal an Hochleistungswaffen zum Überleben einsetzen müssen.

Als allein operierender Sicherheitsbeamter betritt der Spieler A.I.D.A., ein militärisches Virtual-Reality-Trainingsprogramm, um Cyberterroristen davon abzuhalten,die Kontrolle über das Programm zu erlangen und Zugang zu geheimen Militärinformationen zu erhalten. Die Hacker sind der Ansicht, dass AIDA nicht auf die Nutzung durch die Regierung beschränkt sein sollte. Der Agent muss sein Können und seine Fähigkeiten im Kampf einsetzen,
um AIDA von einem Virus der Hacker zu befreien und aus dem System zu entkommen.

In einer Vielzahl von Innen- und Außenlevels bekämpft der Spieler die Feinde mit einer völlig neuen Auswahl an Feuerwaffen und Sprengstoffen, um der terroristischen Bedrohung mit mehr Feuerkraft denn je zu begegnen. In den neuen Online-Mehrspieler-Modi können bis zu acht Spieler gegeneinander antreten.